HDA là gì?
HDA là gì?
Helicase-Dependent Amplification (HDA) là kỹ thuật đẳng nhiệt kết hợp helicase với polymerase và những protein liên quan khác để khuếch đại nucleic acid. HDA sử dụng hoạt tính của enzyme DNA helicase để phân tách DNA mạch đôi thành DNA mạch đơn cho quá trình bắt cặp mà không cần sử dụng chu trình nhiệt. Sau đó, mồi sẽ được khuếch đại bởi enzyme DNA polymerase (Hình 1).
Quá trình này tương tự cơ chế sao chép trong cơ thể sinh vật mà DNA được sao chép bởi DNA polymerase với sự hỗ trợ của DNA helicase để tách mạch DNA. Cơ chế tách mạch và tổng hợp DNA xảy ra bởi sử dụng năng lượng hóa học. Enzyme helicase với sự hiện diện của ATP gắn vào DNA mạch đôi và di chuyển dọc theo DNA mục tiêu, phá vỡ liên kết hydro giữa 2 mạch. Mạch đôi sau khi hình thành được bao phủ bởi protein bám mạch đơn (SSB). Trình tự mồi lai với sợi DNA mạch đơn thông qua bắt cặp bổ sung và DNA polymerase sẽ kéo dài mồi hình thành DNA mạch đôi. Hai DNA mạch đôi mới được tổng hợp là cơ chất cho DNA helicase cho vòng phản ứng kế tiếp, dẫn đến khuếch đại lũy thừa của trình tự mục tiêu. Hệ thống HDA đầu tiên được phát triển sử dụng Escherichia coli UvrD helicase. Hệ thống HDA UvrD giới hạn với việc khuếch đại trình tự dài. Sau đó, hệ thống HDA được cải tiến bằng sử dụng UvrD chịu nhiệt (Tte-UvrD) và Bacillus stearothermophilus polymerase I với nhiệt độ phản ứng 60-65oC. Tuy nhiên, hệ thống HDA có thể khuếch đại chỉ trình tự DNA ngắn từ 70 đến 120 bp.
Tài liệu tham khảo:
1. https://www.neb.com/products/h0110-isoamp-ii-universal-thda-kit
2. Zanoli L. M. et al. (2012), “Isothermal amplification methods for the detection of nucleic acids in microfluidic devices“, Biosensors. 3 (1),pp.18-43.
